Instytut Historii Kultury Materialnej PAN powołano do życia 19 listopada 1953 roku. Stanowisko dyrektora objął prof. Kazimierz Majewski (1953-54), a następnie - prof. Witold Hensel, który pełnił tę funkcję do roku 1989. W 1992 roku placówka przyjęła obecną nazwę Instytutu Archeologii i Etnologii PAN.

Instytut jest jedynym ośrodkiem w Polsce, który gromadzi badaczy reprezentujących rozmaite, uprzednio uprawiane niezależnie od siebie dyscypliny naukowe. Najważniejsze z nich to archeologia pradziejowa i średniowieczna ziem polskich, archeologia antyczna i archeologia powszechna, etnografia, etnologia i antropologia, historia kultury materialnej średniowiecza i czasów nowożytnych.
Program naukowy zakłada integrację dyscyplin z zakresu wiedzy o dziejach i społeczeństwie, z zaangażowaniem archeologiczno-historyczno-kulturowej metody działań. Służy to zachowaniu i wzbogaceniu spuścizny narodowej, poprzez opis i interpretację zabytków oraz pozyskiwanie nowych źródeł archeologicznych i etnograficznych.
Jednym z wiodących kierunków badań są studia nad zmianami społeczności ludzkich w ścisłym związku z otaczającym je środowiskiem.

IAE jest jedną z nielicznych instytucji, która ma możliwości prowadzenia studiów naukowych na szeroką skalę. Ogromny zasób dokumentacji i materiałów wykopaliskowych oraz wyspecjalizowane zaplecze laboratoryjne stanowią solidną bazę do badań archeologicznych, etnologicznych i historycznych. Wszelkie te udogodnienia Instytut udostępnia także badaczom uniwersyteckim, muzealnikom i pracownikom służb konserwatorskich, również z zagranicy. Korzystają z nich studenci i doktoranci. W organizowanych przezIAE konferencjach naukowych uczestniczą przedstawiciele różnych dyscyplin i instytucji.